林威助在2017年引退後，便在2019年接下兄弟二軍總教練一職，當年在兄弟培養不少年輕選手，都已經成為一軍主力，包括江坤宇、岳東華、岳政華、曾頌恩，絕對可以說是兄弟能開啟5年4進台灣大賽的功臣。
兄弟在2020年台灣大賽取得3勝1敗的絕對優勢，卻慘遭統一獅連贏3場翻盤無緣奪冠，林威助也隨即在2021年出任一軍總教練，帶兵第一年就拿下66勝、49敗、勝率0.574的成績，並在冠軍戰以4勝、0敗橫掃獅隊，幫助兄弟拿下睽違11年的總冠軍，林威助更成為中職史上首位在一軍與二軍都拿下總冠軍的教練。
2022年林威助再次率隊打出69勝、47敗、勝率0.595的成績，並在冠軍戰以4比0橫掃樂天桃猿以8連勝之姿拿下2連霸，林威助也順利在2021與2022年拿下聯盟最佳總教練。
本次在富邦球團力邀下，他同意再次重返中華職棒貢獻所長，協助球隊培植長期競爭力。林威助副領隊表示：「感謝富邦球團對我的肯定，未來的日子一步一腳印，與球團全體人員合力朝向最佳成績邁進。」
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